Всероссийский научно-исследовательский институт физиологии, биохимии и питания животных – филиал Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Федеральный научный центр животноводства – ВИЖ имени академика Л.К. Эрнста»
На сегодняшний день различные маркеры и методы ДНК-технологий широко используются для определения генетического полиморфизма и оценки генетической структуры популяций сельскохозяйственных животных, но несмотря на разнообразие разработанных методов, пока трудно выбрать самый надежный и наименее трудоемкий подход, позволяющий получить легко интерпретируемые результаты. Одним из перспективных и надежных методов, которые отвечают требованиям мультилокального генотипирования, является метод генотипирования по набору фрагментов ДНК, фланкированных инвертированными микросателлитными повторами (ISSR метод). В данной работе в качестве ISSR маркеров использовались 6 микросателлитов как праймеров в полимеразной цепной реакции (PCR) для оценки генетической дифференциации молочных и неспециализированных пород крупного рогатого скота (голштинизированная черно-пёстрая, эстонская красная, айрширская, казахская белоголовая, тагильская, якутская, зебувидный скот, по 10 голов от каждой породы). Наиболее полиморфные спектры были получены с использованием (GAG) 6C и (AGC) 6G праймеров. Дендрограммы, построенные путем ISSR-PCRоценки различных пород коров, выявили тесную связь между обнаруженным полиморфизмом фрагментов ДНК и дифференциацией животных по типу продуктивности (молочный породы или неспециализированный скот). Полученные данные, свидетельствующие о том, что каждая группа крупного рогатого скота имеет специфические особенности полиморфизма изученных ампликонов, позволяют предположить возможность использования метода ISSR-PCR для совершенствования пород. Это позволит улучшить отбор и разведение животных с желательными фенотипами и поможет консолидировать группы скота в отношении их породной принадлежности.
1. Buske F.A., Mattick J.S., Bailey T.L. Potential in vivo roles of nucleic acid triple-helices // RNA Biol. − 2011. − Vol. 8. − No. 3. − P. 427-439.
2. Costa R., Pereira G., Garrido I., Tavares-de-Sousa M.M., Espinosa F. Comparison of RAPD, ISSR, and AFLP molecular markers to reveal and classify orchardgrass (Dactylis glomerata L.) Germplasm Variations // PLoS One. − 2016. − Vol. 11. − No. 4. − P. e0152972.
3. Lenstra J.A., Groeneveld L.F., Eding H., Kantanen J., Williams J.L., Taberlet P., Nicolazzi E.L., Sölkner J., Simianer H., Ciani E., Garcia J.F., Bruford M.W., Ajmone-Marsan P., Weigend S. Molecular tools and analytical approaches for the characterization of farm animal genetic diversity // Animal Genetics. − 2012. − Vol. 43. − P. 483-502.
4. Miller M. Tools for population genetics analyses (TPFGA) 1.3: A Windows program for the analysis of allozyme and molecular population genetic data. 1997 // Computer software distributed by author.
5. Askari N., Abadi M.M., Baghizadeh A. ISSR markers for assessing DNA polymorphism and genetic characterization of cattle, goat and sheep populations // Iranian Journal of Biotechnology. − 2011. − Vol. 9. − No. 3. − P. 222-229.
6. Nei M. 1972. Genetic distance between populations // American Naturalist. − 1972. − Vol. 106. − P. 283-292.
7. Stolpovskiĭ Iu.A., Evsiukova A.N., Sulimova G.E. Genomic diversity in cattle breeds assessed using polymorphism of intermicrosatellite markers // Genetika. − 2013. − Vol. 49. − No. 5. − P. 641-648.
8. Tellam R.L., Worley K.C. The genome sequence of taurine cattle: a window to ruminant biology and evolution // Science. − 2009. − Vol. 24. − P. 522-528.
9. Utsunomiya Y.T., Bomba L., Lucente G., Colli L., Negrini R., Lenstra J.A., Erhardt G., Garcia J.F., Ajmone-Marsan P. European Cattle Genetic Diversity Consortium. Revisiting AFLP fingerprinting for an unbiased assessment of genetic structure and differentiation of taurine and zebu cattle // BMC Genetics. − 2014. − Vol. 15. − P. 47.
10. Zhan B., Fadista J., Thomsen B., Hedegaard J., Panitz F., Bendixen C. Global assessment of genomic variation in cattle by genome resequencing and high-throughput genotyping // BMC Genomics. − 2011. − Vol. 12. − P. 557.
11. Zietkiewicz, E. Rafalski, A. Labuda, D. Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain reaction amplification // Genomics. − 1994. − Vol. 20. − No. 2. − P. 176-183.